Verktyg för att analysera bakteriers tillväxt
Jag har under flera års tid hjälpt forskare vid Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi på Uppsala universitet att analysera data om bakterietillväxt. Ofta har det rört frågor om hur bakterier med olika gener växer under olika förhållanden, vilket är viktigt för att förstå hur antibiotikaresistens uppstår och fungerar.
De statistiska analyserna är rutinartade – kruxet är istället att det ofta är data från hundratals olika bakteriestammar som ska analyseras. Tidigare gjorde forskarna det ”för hand”, vilket tog några minuter för varje stam och ledde till många timmars monotont arbete framför datorn. Jag utvecklade ett skript som istället låter dem använda ett gränssnitt i sina webbläsare för att visualiserade bakteriernas tillväxt och automatiskt utföra den statistiska analysen, så att alla stammar kan analyseras inom loppet av några sekunder.
Skriptet, som finns beskrivet här, har idag använts av forskare från en rad olika länder. Förra året använde vi det i en artikel där vi kunde visa att E. coli-bakterier som i laboratorietester är resistenta mot antibiotikumet mecillinam i själva verket inte behöver vara antibiotikaresistenta när de lever i människokroppen. Mecillinam ges ofta mot urinvägsinfektioner i Sverige. Resultaten bidrar till att förklara varför den kliniska resistensutvecklingen mot just mecillinam har varit så låg och pekar på att de laboratorietester som idag används för att undersöka antiobiotikaresistens kan behöva utvecklas.
- Läs mer om hur jag kan hjälpa er med automatiserad dataanalys här.
- I artikeln om mecillinamresistens utförde vi också en statistisk analys av bakteriers metabolomik. Läs mer om hur jag kan hjälpa er med omikdata här.
